Als ein neuer Bösewicht mehrere experimentelle Technologien aus Gotham klaut, ist Batman in Alarmbereitschaft. Allerdings ist er nicht der Einzige, der sich des Falls annimmt. Eine vierköpfige Gruppe mutierter Schildkröten kommt dem fiesen Dieb ebenfalls auf der Spur: Die Teenage Mutant Ninja Turtles, die bisher gar nicht geglaubt haben, dass Batman wirklich existiert, kommen nach Gotham City! Die Kampfkünstler bestehen aus Anführer Leonardo, dem klugen Donatello, dem furchtlosen Raphael und dem Klassenclown Michelangelo – und das erste Aufeinandertreffen mit dem Dunklen Ritter verläuft ganz und gar nicht glatt. Aber schließlich kämpfen die Schildkröten gemeinsam mit Batman, Batgirl und Robin gegen zahlreiche Schurken, wie den Joker, Two-Face und den Pinguin.