Der clevere, gutherzige Kubo (Original-Stimme: Art Parkinson) erzählt den Menschen in seiner Heimatstadt am Meer fantastische Geschichten und fristet ansonsten ein eher bescheidenes Dasein. Doch sein relativ ruhiges Leben wird aus den Angeln gerissen, als er versehentlich einen mythischen Geist aus seiner Vergangenheit heraufbeschwört, der vom Himmel herabstürmt und eine uralte Blutfehde wiederaufleben lässt. Auf der Flucht vor dem Rachedurst der Kreatur tut er sich mit Monkey (Charlize Theron) und Beetle (Matthew McConaughey) zusammen. Gemeinsam begibt sich das Trio auf eine aufregende Mission, um Kubos Familie zu retten und das Mysterium um seinen gefallenen Vater – den größten Samurai-Kämpfer, den die Welt je gesehen hat – zu enträtseln. Mit der Hilfe seiner magischen Schamisen – einer dreisaitigen Laute – stellt sich der Junge Göttern und Monstern gleichermaßen, unter ihnen der Mond-König (Ralph Fiennes) und die bösartigen Zwillingsschwestern (Rooney Mara).