Noch immer überwacht und studiert die Geheimorganisation Monarch die auf allen Winkeln der Erde verstreuten Titanen, die seit dem ersten Auftauchen von Godzilla vor einigen Jahren als stete Bedrohung angesehen werden. Mittels eines neu entwickelten Gerätes, ist es der Monarch Wissenschaftlerin Dr. Emma Russell (V. Farmiga) gelungen nicht nur die Titanen aufzuspüren, sondern sie dadurch auch zu besänftigen. Eine Technik, die sich der Ökoterrorist Ian Kane (C. Dance) gerne zunutze machen will, um die Menschheit damit dem ultimativen Überlebenskampf zu unterziehen und zu prüfen, ob sie überhaupt auf diesem Planeten existieren darf. Hierzu entführt er Emma und ihre Tochter Madison (M. B. Brown) und macht sich daran, noch schlafenden Titanen zu erwecken. Um ihn aufzuhalten, wenden sich die Monarch Wissenschaftler an Emmas Exmann Mark (K. Chandler), der Dr. Ishiro Serizawa (K. Watanabe) und Dr. Vivienne Graham (S. Hawkins) hilft, die Terroristen aufzuspüren und den wieder schlafenden Godzilla zu Hilfe zu rufen. Allerdings scheint diese Hilfe bereits zu spät, denn Kane ist es in der Antarktis gelungen, King Ghidorah zurück auf die Erde zu holen. Schnell entfesselt das Monster die Hölle auf Erden und weckt mit Rodan eine weitere Bestie, die sich Godzilla in den Weg stellt. Doch wird Godzillas Stärke genügen um sich gegen diese ultimative Bedrohung zu behaupten?