Ein Ufo taucht über der Skyline von Tokio auf. Doch die Bevölkerung kann aufatmen – kein Grund zur Panik. Die dreiköpfige Besatzung ist mit friedlichen Absichten aus dem 23. Jahrhundert gekommen um Japan endgültig von Godzilla zu befreien. Und das Unheil, das das Monster in der Zukunft noch über das Land bringen wird, zu verhindern, will man zurück in das Jahr 1944 reisen und Godzilla schon bei seinem ersten Auftauchen, während des 2. Weltkrieges, unschädlich machen. Drei Japaner begleiten die Mission der Zeitmaschine in die Vergangenheit, es überstürzen sich die Ereignisse. Nicht nur Godzilla terrorisiert Japan, ein noch viel furchterregenderes Wesen ist aufgetaucht, “King Ghidorah”, ein dreiköpfiges goldschimmerndes Flugmonster. Die Auseinandersetzung der beiden Kampftitanen zieht sich durch die Geschichte. Aber die größte Zukunftsschlacht steht noch bevor, das alles entscheidende Duell der Megasaurier.