Vor drei Jahren erschütterte ein mysteriöses Ereignis das Gebiet, das jetzt als Area X bekannt ist. Abgeschnitten von jeglicher Zivilisation begräbt die Natur die spärlichen Überreste menschlicher Kultur unter sich. Die geheime Regierungsorganisation „Southern Reach“ ist dafür zuständig, herauszufinden, was in Area X vorgefallen ist und was nun hinter der unsichtbaren Grenze geschieht. Mehrere Expeditionen sandte Southern Reach in das kontaminierte Gebiet – nur der Soldat Kane (Oscar Isaac) kam lebend zurück. Ein neues Team bestehend aus den Wissenschaftlerinnen Lena (Natalie Portman), Anya Thorensen (Gina Rodriguez), Cass Shepard (Tuva Novotny), Josie Radek (Tessa Thompson) und Leiterin Dr. Ventress (Jennifer Jason Leigh) soll nun endgültig die Geheimnisse der Region lüften – das Gebiet kartographieren, Flora und Fauna katalogisieren und die Beobachtungen dokumentieren. Doch sind es nicht nur die Mysterien von Area X, sondern die Geheimnisse der Frauen untereinander, die die Expedition gefährden…