Nachdem seine Mutter an den Folgen der Pest starb, irrt der 14jährige Krabat (David Kross) bettelnd durch die Lausitz. Von einer inneren Stimme angetrieben, landet der junge Knabe schließlich in einer alten Mühle, die von einem mürrischen Müllermeister (Christian Redl) betrieben wird. Dieser bietet Krabat an, wie die anderen Gehilfen bei ihm in die Lehre gehen und dafür ein Dach über dem Kopf haben zu können. Unter den gleichaltrigen Jungen sorgt der Neuankömmling allerdings erst einmal für Misstrauen – ehe Krabat in das düstere Geheimnis der Mühle eingeweiht wird: Dort nämlich werden die Gesellen in Schwarzer Magie unterricht. Sie können sich in Raben verwandeln und unsichtbar machen, doch dürfen ihre Zauberkräfte nur für die Dienste des Lehrmeisters einsetzen. Bald schon bekommt Krabat jedoch die Schattenseiten seines neuen Lebens spüren: Jedes Jahr muss einer der Schüler für den großen “Herrn Gevatter” geopfert werden, ehe ein neuer Geselle nachrückt. Dieser Teufelskreis kann nicht durchbrochen werden – es sei denn durch die Freibitte eines geliebten Mädchens.